いろいろ悩みましたが,トップディレクトリに置かれたphp.iniの影響が,下位ディレクトリにも影響しているからで,この辺が.htaccessの設定との違いみたい。
対処方法は,どのサブディレクトリやサブドメインでも同じ文字コードを使用しているのなら,このトップディレクトリにあるphp.iniを使用する文字コード(URF-8,EUC-JPなど)に書き換えればいいだけですが,ディレクトリ(ソフト)毎に違うのであれば,当該ディレクトリにそれぞれphp.iniをおく必要があります(sv50以降)。
ところが,ここで気をつけなければいけないのが,トップディレクトリのphp.iniで,これを残してしまうと,サブディレクトリのphp.iniの内容が無効となるようです。
ちょっと,メモっておきますね。
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